Obrigado @earnie por encontrar a configuração certa!
Tente usar Arquivo > Saída. O uTorrent não fecha quando você clica no X, ele apenas entra na bandeja do sistema (tornando-se essencialmente um processo em segundo plano). Você também pode clicar com o botão direito do mouse no ícone do uTorrent na bandeja do sistema e clicar em Sair.
Você pode alterar esse comportamento indo para as configurações do uTorrent. Eu não tenho instalado aqui, mas acho que há uma caixa de seleção para Minimize minimized uT to tray
. Veja esta resposta para uma captura de tela.