Um arquivo de vídeo é composto de caracteres, assim como um arquivo de texto é composto por caracteres. Além de alguns metadados aqui e ali, os caracteres em si não são passíveis de serem lidos por humanos. Muitos deles nem serão imprimíveis. No entanto, copiá-los para um novo arquivo deve produzir um vídeo idêntico. VLC media player, como qualquer outro media player, deve ser capaz de ler o arquivo muito bem.
No entanto, o arquivo 'new.avi' não é idêntico à fonte. Não porque você perdeu informações armazenadas de maneira diferente, mas porque é um pouco complicado copiar um arquivo dessa maneira. Principalmente problemático é o caractere nulo. No meu sistema, copiar e colar esse caractere no Notepad ++ substitui o caractere por espaço em branco, uma limitação do Windows. O arquivo resultante não é um vídeo válido.
Se você quiser manipular o conteúdo de arquivos binários neste nível, provavelmente você está melhor com uma ferramenta especializada, um editor hexadecimal. Aliás, o Notepad ++ tem um plugin para isso.