O que você está procurando é, dependendo se o seu Ebook é extraído de 'Texto Puro' para o Flash Player ou de uma 'Série de Imagens', muito difícil ou 'tentando lamber seu cotovelo' com força.
Primeiro de tudo, não há nenhuma ferramenta lá fora que faça alguma conversão 'EXE To PDF' para você em algum tipo de interface 'EZ 1-2-3' (ou qualquer tipo de interface). período.
Tentar extrair os dados do Flash Player usando um Depurador não produzirá resultados, já que os Flash Debuggers são destinados a trabalhar com arquivos de extensão '.SWF' ou similares, não com '.EXE'.
Usar um editor hexadecimal para tentar extrair o bloco de código que corresponde à porção de texto Unicode ou Ascii do EBook com a esperança de usar algum conversor 'Hex para X' on-line é possível, enquanto você estaria em uma desafio. Mas, como eu disse no começo: há apenas uma pequena chance disso acontecer e somente se houver 'texto' e não 'imagens' dentro daquele 'EXE'.
De qualquer forma, provavelmente o melhor que você pode fazer é seguir o comentário de Bengi e tirar uma série de capturas de tela do livro e copiá-las para um arquivo do Word de onde você pode criar o PDF. Se o livro for muito longo, você pode criar uma macro que fará isso por você.