Geralmente sim, seja alterando a ordem de inicialização no BIOS ou selecionando um dispositivo de inicialização no menu de inicialização do sistema. Se você não quiser que um gerenciador de inicialização avance no outro, desconecte o outro SSD e instale.
Você não precisa 'desligar' o SSD - o sistema Windows não pode ver o FS linux sem unidades de sistema de arquivos adicionais, se elas existirem, e o sistema Linux geralmente pode ser avisado para não montar o gerenciador de inicialização do Windows.