Use Sox. O comando seria:
sox inputfile.wav outputfile.wav trim 0 =3:00 =6:00 =24:00
para o seu exemplo. Veja aqui .
Nos parâmetros de ajuste, cada par de valores está em para fora. 0 está em ponto, 3:00 outpoint depois 6:00 inpoint e 24:00 outpoint. O sinal = significa relativo ao começo.