Se você usar suPHP , poderá permitir que o script seja executado sob o mesmo usuário para o script que possui a chave.
EDITAR:
Com base no seu esclarecimento (e em outros comentários), provavelmente seria melhor gerar uma nova chave especificamente para o propósito do seu script e conceder a ele as permissões do seu usuário da web. Geralmente, é melhor ter uma nova configuração de chave por usuário / script.
Para mais informações sobre por que essa é uma prática recomendada, consulte este e este link.