Basta excluir a partição D: e estender C: ficará bem. Uma partição sumiu, o disco rígido não liga para o que estava lá antes.
Os dados para dizer onde os arquivos são armazenados (diário no caso de NTFS) são armazenados na própria partição, portanto, quando você exclui a partição, o computador não sabe nada sobre os arquivos que estavam na partição antes, e acha que é apenas espaço livre pronto para ser usado novamente.
Quando você criar a nova partição, o computador assumirá que tudo é gratuito, pois o diário estará vazio. Apesar do fato de que já existem dados, o computador irá em frente e escreverá novos dados sobre os dados antigos quando você armazenar arquivos na partição C :.