Você pode usar fsutil para verificar se o arquivo de link simbólico e o arquivo vinculado existem.
fsutil file queryfileid mylink.txt
if errorlevel 1 echo The link is dead
Se você quiser verificar todos os links simbólicos em uma pasta, use
FOR %%f IN (*) DO (
fsutil file queryfileid %%f
if errorlevel 1 echo The link is dead
)
Mas você deve tomar cuidado. O fsutil também pode sair com o código de saída 1 se ocorrer um erro.