Talvez o eSATA (externo) seja mais rápido e não muito mais caro.
Ou se você estiver copiando o mesmo arquivo várias vezes (talvez com mudanças todas as vezes) você poderia usar o rsync --inplace (ou talvez usar o Unison) e copiar apenas as diferenças? (supondo que as velocidades de leitura sejam muito superiores às velocidades de gravação, o que pode não ser verdade).
Eu também me pergunto sobre as velocidades usando uma cópia normal ao invés de usar um utilitário de cópia de bloco como "dd" (um utilitário UNIX ... eu não sei o que o Windows pode ter)
É claro que a melhor solução pode ser obter um cabo de dados entre os dois hosts nos quais você está lidando com arquivos.