A melhor maneira seria fazer isso enquanto o sistema não está sendo executado , ou seja, usando algum tipo de disco ao vivo.
A melhor que eu posso pensar é Clonezilla .
No entanto, @MaXX sugere um pendrive com algum linux nele - isso também funcionaria, mas ele omite o comando útil: dd
, que faz uma cópia bit-a-bit. Verifique a página do manual e faça alguma pesquisa se estiver interessado nisso.
Se você nos disser exatamente o que deseja realizar, podemos adaptar melhor as respostas para você. Sem saber mais, a melhor solução será clonar a unidade inteira - o que requer que o sistema não seja executado.