Não. A hibernação significa apenas que o conteúdo da sua memória RAM é gravado no disco rígido e depois lido a partir daí, em vez de ser iniciado.
O que você pode enfrentar é a perda de dados. Apenas certifique-se de sempre retomar o sistema operacional do qual você hibernou. Pode haver efeitos estranhos se um dos sistemas operacionais encontrar coisas diferentes no disco do que estava vendo antes da hibernação.