Sobre segurança, devemos sempre ter dúvidas. Ter um sistema atualizado e software antivírus e ter certeza do que você está fazendo ajuda na maior parte do caso.
Dito isto, os vírus são projetados antes que os antivírus os conheçam (obviamente), e alguma falha de segurança pode existir no subsistema USB. Um dispositivo firewire tem acesso descontrolado a toda a memória pelo seu design, por exemplo.
Mas estatisticamente uma coisa é certa: você tem muito mais chance de ter um vírus projetado para o Windows (especialmente depois de ter conectado uma chave USB em um computador Windows) do que qualquer outro SO, outra coisa é que outros sistemas operacionais têm políticas para não permitir que usuários "normais" danifiquem o sistema.
Sabendo disso, você pode usar uma distribuição GNU / Linux Live para salvar o arquivo, se eles forem importantes, e então formatar a chave USB. O uso de um LiveCD deve proibir qualquer dano ao sistema operacional instalado, mas se você ainda tiver dúvidas, poderá desconectar o disco rígido. Então (normalmente) nada pode acontecer
Mas nada é 100% seguro: se alguém projetou um vírus especificamente criado para GNU / Linux que por uma falha de segurança desconhecida possa ao mesmo tempo executar um binário não confiável e obter acesso de superusuário, adicione um vírus ao seu BIOS para que seja compatível com o seu hardware e conhecer a estrutura da sua BIOS), então, talvez o seu computador possa estar infectado. É muito improvável que isso aconteça.