Parece que você está tentando atualizar apenas a segunda coluna. Se for esse o caso, isso deve fazer:
awk '$2<0 {$2=0} 1' file > tmp_file && mv tmp_file file
Teste
$ cat a
hello 2
hello 3
hello -1
hello -4
hello 0
$ awk '$2<0 {$2=0} 1' a
hello 2
hello 3
hello 0
hello 0
hello 0