Não é uma boa ideia clonar um Windows atualmente em execução. Você não poderá copiar muitos arquivos, e alguns que podem copiar estarão em estado inconsistente. Em vez disso, considere inicializar com algo como BootCD ou CloneZilla Live do Hiren ou qualquer outro sistema inicializável e fazer clonagem de disco a partir daí. Dessa forma, você garantirá que todos os seus arquivos não estejam em uso e sejam fechados corretamente.
Se você fizer isso, seu sistema inicializará.