Veja:
O cache encontrado em C: \ windows \ installer não deve ser um cache completo. É um MSI mínimo que foi retirado das cabines embutidas (se fosse uma compilação comprimida).
Existe um segundo mecanismo para o armazenamento em cache, se o MSI em cache não for encontrado ou o MSI em cache não tiver o armazenamento (Cabs), então usará um processo de resolução da lista de fontes. Normalmente, esse é o local do qual o MSI foi instalado. Ou um local onde o MSI foi extraído (em cache) por um setup.exe. Além disso, se você tiver ferramentas como o Microsoft Systems Center Configuration Manager, ele terá um mecanismo para armazenar em cache os pacotes e chamar APIs do MSI para informar o serviço dos locais.
Você sempre quer que o MSI seja armazenado em cache em c: \ windows \ installer e não há mecanismo para ativar ou desativar isso.