O sinalizador -r em cp significa recursivo. Você o usa ao copiar pastas inteiras, porque instrui o cp a descer para a pasta e recursivamente copiar tudo o que encontra dentro.
Você não precisa fazer isso quando está apenas copiando arquivos individuais, porque eles são (conceitualmente) uma única entidade. Como Ярослав Рахматуллин diz, rodar o cp recursivamente em um único arquivo não faz sentido, porque não há nada para recorrer.
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ou digite man cp
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