Você precisará de c # bindings para libappindicator. Você provavelmente precisará gerá-los usando uma ferramenta como bindinator (meebey usou isso para gerar as ligações c # messagemenu)
A ajuda para a API é aqui
Eu não usei isso sozinho, mas parece que você chamaria o construtor
void (* new_label)
para criar um indicador com um marcador, mas sem ícone.