Por exemplo, no Linux, você pode separar seu "/ home" (contendo seus dados pessoais) e "/" (contendo arquivos do sistema) em duas partições. Então, se o seu sistema quebrar, você pode simplesmente formatar "/" e reinstalar sem atrapalhar seus arquivos pessoais, mesmo sem remover suas preferências para cada aplicativo. Você pode até mudar a distribuição, sem reconfigurar a maioria dos aplicativos.
A coisa mais benéfica: se uma das suas partições falhar devido a bloqueios incorretos ou outros erros físicos, seus dados em outra partição NÃO serão afetados.
Você pode usar ferramentas como o GNU Parted e o fdisk para particionar um disco.