Eu acho que você quer produzir esse tipo de coisa:
NãoéumaGUI,maseusugiroolharparao
ExemplodegráficodositedoGnuPlot.Exemplos
Se você precisar de uma GUI, talvez possa dar uma olhada no link etc.
Para conjuntos de dados muito grandes (mais do que pode ser facilmente acomodado na RAM), é provavelmente melhor pré-processar os dados para obter os valores resumidos que você deseja plotar. Eu usaria Perl para isso, mas não há falta de ferramentas para a tarefa. Escolha um que combine com você.