Sua melhor aposta seria tirar a unidade da máquina, colocá-la em um caddy externo e usar uma segunda máquina para criar um backup dos dados antes de reformatar a unidade.
Na verdade, você não precisa de uma segunda máquina. Compre uma nova unidade para sua máquina. Troque o drive antigo e instale o Windows no novo. Coloque a unidade antiga em um caddie e use-a como uma unidade externa de disco rígido / backup para seus dados.
Não irá reinfectar sua nova unidade, pois não é uma unidade de inicialização. Você também pode excluir os restos da pasta do Windows e da pasta Arquivos de programas apenas para ter certeza.