Adicionar Wine of Winetricks não torna seu sistema vulnerável.
No entanto, os aplicativos executados no Wine são vulneráveis como se estivessem no Windows, no sentido de que, se você executar o IE6, por exemplo, ele é aceitável para vulnerabilidades, como se estivesse sendo executado no Windows. Para torná-lo mais seguro, você pode usar um Firewall e usá-lo apenas para fazer login no momento necessário. Além desse ponto, você não deve se preocupar com vulnerabilidades.