Bem, acho que isso deve desativar o pop-up de atualização irritante:
gsettings set com.ubuntu.update-notifier auto-launch 'false'
Em relação à resposta anterior (e, em particular, ao comentário "Atualizações são importantes"), existem MUITOS motivos para desabilitar aplicativos intrusivos. Eu dificilmente acho que é necessário dar uma palestra sobre o Op. Por exemplo: eu, pelo menos, acho essa atualização pop-up muito irritante na minha configuração do mythtv, já que ela não apenas bloqueia a tela, mas é modal.