Primeiro, lembre-se de que um antivírus captaria apenas códigos específicos, que são de alguma forma distribuídos e estão sendo analisados e tiveram uma assinatura criada. Sim, existe o modo heurístico, mas não é 100% de garantia. Então, ter um programa que foi feito para incomodá-lo, executando-se em algum tempo específico (ou aleatório) não seria difícil.
Então, supondo que você não tenha nenhum agendador em execução, etc:
Você tem algum firewall configurado no seu roteador / modem / adsl? Você pode verificá-lo ou programá-lo para desativar todas as conexões de entrada e saída da meia-noite para um horário específico. Ou você pode gerar algum log e verificar se há alguma conexão aberta ou alguém tentando se conectar ao seu computador. Talvez você tenha alguém se conectando ao seu computador, através de um backdoor.
E, finalmente, a melhor solução, eu acho: reinstale seu sistema operacional, do zero, e reinstale seus aplicativos.