Isso acontece quando um programa de linha de comando é executado, ele abre uma janela cmd, é executado e a janela é fechada assim que o programa termina de ser executado. Se você tentar executar programas CLI (como dir) na GUI, você verá isso.
Provavelmente, apenas um script de segundo plano está fazendo alguma manutenção, mas talvez valha a pena executar uma verificação de vírus apenas para estar seguro.