Você precisará redimensionar o sistema de arquivos raiz (resize2fs) para 1TB ou menos, redimensionar o volume lógico (lvresize / lvreduce) e remover o segundo disco rígido do grupo de volumes (pvmove seguido por vgreduce). Se você está apenas começando, pode ser mais fácil obter o provedor do servidor para reinstalar o SO.
O Arch Wiki tem exemplos sobre a modificação de volumes de LVM usando a linha de comando: link