Você pode ter instalado o Eclipse como uma instalação "portátil".
Uma possível correção:
- Clique no aplicativo na barra de tarefas
- Aguarde o ícone duplicado ativar
- Clique com o botão direito do mouse no ícone desativado e "desmarcar da barra de tarefas"
- Clique com o botão direito no ícone ativado e "fixar na barra de tarefas"
- Fechar aplicativo
- Clique no aplicativo na barra de tarefas
Isso deve lhe dar o comportamento que você está procurando.