O protocolo FTP não suporta a verificação por design.
Em geral, se os atributos e tamanhos dos arquivos forem idênticos, você pode estar razoavelmente seguro de que eles foram enviados com sucesso e intactos.
Além disso, se você puder fazer o login no servidor e criar checksums MD5 dos arquivos e compará-los a cópias locais, isso confirmará se os arquivos são idênticos.