Difícil, pois haverá problemas com bancos de dados abertos e outros arquivos. O VMware Converter pode, em teoria, clonar máquinas em execução, mas, na minha experiência, isso é um pouco imprevisível. Além disso, você está olhando para aplicativos e procedimentos específicos, como dicas Journeyman Geek - e estes podem ser um pouco caros. Se os servidores puderem ser desligados por um curto período, você poderá executar o Clonezilla nos discos para fazer cópias e, em seguida, usar ferramentas de backup 'regulares' para manter backups do que foi alterado desde que as unidades foram clonadas.
Nossa estratégia de backup para alguns servidores é fazer cópias virtuais deles (usando as ferramentas do VMware) que podem ser acionados em um momento e depois fazer um backup regular dos dados alterados, restaurados para eles rapidamente.
Em última análise, a sua escolha de implementação dependerá da quantidade de continuidade de serviço que você precisa - e da profundidade de seus bolsos - nos dar mais algumas informações sobre o seu cenário.