Verifique os parâmetros em /etc/security/pam_encfs.conf . No meu sistema, vejo a linha
encfs_default --idle=1
que dispara uma desmontagem depois que o sistema de arquivos ficou ocioso por 1 minuto sem nenhum arquivo aberto. Defina o parâmetro idle para 0 para desativar a desmontagem automática. Você pode configurá-lo em uma linha específica do ponto de montagem em vez do padrão, se preferir.