Quais sistemas de arquivos essas partições estão usando? FAT32, ext3, ...?
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Tais sistemas de arquivos como FAT não suportam a propriedade de arquivos em todos os . Você precisa especificar o proprietário padrão nas opções de montagem ou permitir que o GNOME / udisks manipule a montagem.
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O NTFS suporta a propriedade de arquivos e as ACLs, mas não tenho certeza se esse recurso está habilitado na versão ntfs-3g que vem com o Ubuntu.