Dependendo da interface que você está usando para as placas (PCI-E, AGP, etc), seu BIOS pode conter configurações para priorizar um slot em relação ao outro.
Se tudo mais falhar, mude a localização física dos cartões na placa-mãe:)
Instalei recentemente uma segunda placa gráfica no meu computador para poder ter uma configuração de monitor duplo. Mas quando eu começo meu computador, a segunda placa gráfica é inicializada primeiro. Existe alguma maneira de mudar isso para que a placa originalmente instalada seja inicializada primeiro?
A maioria das BIOS para placas-mãe com um disco rígido onboard tem uma opção onde você pode escolher onboard, PCI ou PCIe.
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