O primeiro passo seria obter a versão mais recente do manual e ver se eles acidentalmente adicionaram um zero extra à corrente de 12 V. Até onde eu sei, os últimos Atoms usam 7 W, então não tem como funcionar com menos de um watt.
Quanto à diferença entre os consumos de energia, pode haver vários motivos. Por exemplo, sua fonte de alimentação de 12 V pode ter reguladores de eficiência mais altos instalados do que a fonte de 5 V.
Poderia também por alguma razão precisar de tensão superior a 5 V (talvez a fonte de alimentação da porta USB?). Nesse caso, seria necessário aumentar a tensão e diminuí-la, o que consumiria alguma energia. Ainda assim, para mim, mesmo a diferença de 1,1 W (se estou certo e significou 0,7 A) entre 12V e 5V parece um pouco grande.