O FTP usa 2 canais para comunicação, ftp-data (20) e o canal de controle ftp (21). Dependendo de como você o configurou, ativo ou passivo, ele exigirá uma configuração diferente.
O Windows torna as coisas mais fáceis devido ao fato de você poder permitir certos executáveis em vez de portas específicas. Você pode optar por permitir o executável do servidor FTP ou colocar o servidor no modo passivo e permitir as portas 20 e 21.