É para alinhamento setorial nas unidades mais recentes de formato avançado com setores 4K e para o futuro. É aparentemente mencionado em um artigo retirado da Microsoft Knowledge Base, capturado e citado na Wikipedia :
In earlier versions of Windows, the default starting offset for the first partition on a hard disk drive was sector 0x3F. Because this starting offset was an odd number, it could cause performance issues on large-sector drives because of misalignment between the partition and the physical sectors. In Windows Vista, the default starting offset will generally be sector 0x800.
Se, no futuro, formos para setores de 16K ou até 1MB, você poderá criar uma imagem de um disco antigo em um novo e a partição ainda estará alinhada.
Os blocos de meio MB em SSDs que Robert mencionou também fazem sentido. Se você for realinhar algo, escolha um bom número redondo.