Tente substituir o bloco Dispositivo no seu arquivo xorg.conf com este:
Section "Device"
Identifier "ATI Radeon"
Driver "ati"
Option "AccelMethod" "EXA"
Option "MigrationHeuristic" "greedy"
Option "AccelDFS" "true"
Option "EnablePageFlip" "true"
Option "EnableDepthMoves" "true"
EndSection
Está funcionando para mim e eu tenho janelas muito suaves!
Além disso, salve Sincronizar com o VBlank e a contagem automática da taxa de quadros no composto desativado também.