Você pode gravar com jack usando um microfone genérico de computador conectado à porta de microfone? Sua resposta nos informará se é um problema com a configuração de jack ou um problema de hardware (talvez o pré-amplificador da sua guitarra não esteja aumentando o sinal o suficiente - ou, o que é mais provável, esteja sem bateria).
Em qualquer caso, você provavelmente não obterá uma qualidade muito boa com este método, os conversores analógicos para digitais para o microfone na maioria das placas de som são terríveis - apenas para voz. Você teria mais sorte usando um dispositivo de áudio USB amigável ao Linux. Eu possuo um M-audio Fast Track Pro, e estou bastante satisfeito com isso, embora exija um pouco de configuração para desbloquear seus recursos completos.