Depende realmente do objetivo da máquina e da sua experiência com o uso dos sistemas operacionais.
Pessoalmente, eu uso o Linux em qualquer computador que eu tenha a dizer sobre o que está instalado. Mas, para o usuário comum, o Windows pode fazer mais sentido para usar.
A primeira coisa que você deve ter certeza é que o hardware do laptop é compatível com o Linux. Atualmente, o suporte de hardware para o Linux é excelente e, provavelmente, existe um driver ou uma solução alternativa para todo o seu hardware. Minha última instalação do Ubuntu 10.04 LTS encontrou todos os drivers na primeira tentativa!
Se você for usar o laptop para jogos, navegação na Web e uso geral do computador, talvez seja melhor usar o Windows. Eu não sou fã de MS desde o XP, mas o Windows 7 é bem legal.
No geral, é mais uma questão de o que você vai precisar do laptop para fazer e qual sistema operacional pode fazer melhor.
Ou, se você tiver o hardware e o espaço HDD, configure uma inicialização dupla! Eu recomendo instalar o Windows primeiro e depois o Ubuntu, se você planeja uma situação de inicialização dupla. Fazer isso do outro jeito me causou muitas dores de cabeça no passado, embora tenha sido desde o XP / Ubuntu 6.04 desde que eu configurei uma inicialização dupla.