Eu não sei se você pode simplesmente fazer todas as janelas se comportarem da mesma forma, mas você pode individualmente. Vamos usar o Thunderbird como exemplo.
Certifique-se de ter o ccsm instalado: Abra um terminal (Pressione Controle - Alt - T ) e digite
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager
Abra o ccsm. Você estará usando os plug-ins Place Windows e Windows Rules na seção Gerenciamento de Janelas.
Primeiro, entre no Place Windows, selecione a guia Fixed Window Placement e selecione New.
Digite o nome do programa (class = xxxx) e defina as coordenadas X e Y iniciais. As coordenadas começam no canto superior esquerdo da tela. Isto diz ao programa onde abrir na tela.
Em seguida, vá para o plug-in Regras do Windows e selecione a guia Regras de tamanho e novo.
Digite o nome do programa (class = xxxx) e defina o tamanho X e Y. Isso informa ao programa o tamanho para abrir o programa em pixels (pixels de largura x pixels de altura).
Agora, abra o programa para o qual você acabou de fazer isso e ele deve abrir onde e quão grande você quiser.
Note que você terá que fazer isso para cada programa que você deseja abrir em um local específico e um tamanho específico. Você também pode usar um sem o outro, por exemplo, sempre ter um programa aberto em um local específico, mas sem ter seu tamanho definido.