Como KeithB disse, existem problemas potenciais que podem surgir do uso de uma abordagem bruta. No entanto, essa abordagem grosseira é um pouco mais seletiva, de modo que as chances de fracasso são reduzidas em cerca de 0,00001%, o que pode ser suficiente.
sed 's|><|>\n<|g' inputfile
Se houver espaços em branco entre os colchetes angulares, isso pode ser melhor:
sed 's|>[[:space:]]*<|>\n<|g' inputfile
que eliminará esse espaço em branco.