Você pode tentar isso criando / modificando ~/.config/gtk-3.0/settings.ini
:
[Settings]
gtk-icon-sizes = panel-menu=16,16:panel=16,16:gtk-menu=16,16:gtk-large-toolbar=16,16:gtk-small-toolbar=16,16:gtk-button=16,16
No entanto, seu tema pode substituir isso em seu arquivo de tema.