A pasta Windows.Old está lá para que você tenha suas coisas antigas (e eu acho que pode até permitir que você reverta para o Vista, mas não tenho certeza disso).
Como você queria reformatar seu disco, provavelmente você tem um backup. Como você deseja instalar muitas ferramentas, provavelmente seria melhor se você reformatar a unidade (depois de fazer o backup do que você mudou nesse meio tempo). Para fazer isso, você precisa inicializar a partir do DVD.