Apenas um pensamento ... verifique se a versão do SVN de ambos os clientes é a mesma. Seu Tortoise e sua ferramenta de linha de comando podem estar gravando metadados incompatíveis na pasta .svn. Além disso, você pode querer investigar se o Tortoise armazena em cache todos os metadados que não estão sendo gravados no gravador antes de ejetá-lo.