Em benchmarks sintéticos, você verá no teste de throughput de RAM puro que os slots de PCIe 8x são um pouco mais lentos, obviamente. (Não faz qualquer diferença para o desempenho computacional da GPU.)
Na prática, a diferença provavelmente não seria perceptível, a menos que você tenha um caso de uso muito incomum que exija saturar a taxa de transferência para as GPUs com frequência. (Algo que envolve mover grandes conjuntos de dados continuamente entre a RAM principal e uma GPU ou entre duas placas de GPU.)