Embora sua pergunta não faça especificamente qualquer pergunta que obtenha uma única melhor resposta da comunidade, veja o "porquê" e a solução mais fácil:
Por quê? Porque o seu computador provavelmente está configurado para inicializar a partir de qualquer um dos discos rígidos através do BIOS e você não informou qualquer ordem. Se uma das unidades tiver prioridade e tiver um setor de inicialização válido que possa inicializar em um sistema operacional, isso ocorrerá.
Por exemplo 
Solução:EntrenoBIOSdoseucomputadorecertifique-sedequeapenasodiscorígidodosistemaoperacional"host" esteja na ordem de inicialização. Todos os outros discos rígidos devem ser removidos da ordem de inicialização. Seus discos rígidos "secundários" se tornarão discos adicionais quando o seu SO for inicializado - permitindo que você faça o que precisa fazer.