Se você estiver usando o instalador da área de trabalho (também conhecido como Ubiquity), tente colocar o seu late_command em
ubiquity ubiquity/success_command string
como
ubiquity ubiquity/success_command string /bin/echo "trying echo" > /var/log/myfile
Eu costumo colocar essa e a estrofe d-i, apenas para ter certeza de que meu arquivo de preseed funcione em ambos.