Você está usando o mesmo esquema de cores no vim e no gvim?
Se você definir o esquema de cores para o mesmo, eles devem olhar mais de perto (desde que o terminal suporte as cores no esquema de cores). Caso contrário, você pode alterar o esquema de cores editando $VIMRUNTIME/colors/nameOfColorschemeFile
ou criando o seu próprio no diretório home do vim.
Você pode definir o esquema de cores no vim / gvim com
:colorscheme nameOfColorscheme