Se isso for resultado de um único comando, canalize para xclip -i . Ou, melhor ainda, redirecione para algum arquivo, continue processando-o em um pipe, etc. A linha de comando do Unix é usada para ser usada com pipes e redirecionamentos, você não precisa cortar e colar.
Se você tem 3000 linhas que não são a saída de um único comando, eu gostaria de ouvir alguns detalhes: -)
Alguns detalhes adicionais (que tipo de comando produz a saída, onde você deseja colá-los etc.) ajudaram a entender melhor o problema em primeiro lugar.