Provavelmente, algo que é originado posteriormente altera esses aliases.
Adicione alias sanitycheck='echo sane' ao seu ~/.aliases e execute sanitycheck no ~/.zshrc após a origem do ~/.aliases . Faça o login novamente. Se você obtiver sane , saberá source ~/.aliases trabalhado.
Investigue o que acontece mais tarde no seu ~/.zshrc . Espero que você descubra outros aliases para ls e grep .