Você pode usar AutoHotkey para fazer Ctrl + C enviar Ctrl + Break - ou para mandar ambos - somente no Prompt de Comando.
Aqui estão os scripts do AutoHotkey para ambos:
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Ctrl + C envia somente Ctrl + Interrupção :
#IfWinActive, Command Prompt ^c::^CtrlBreak
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Ctrl + C envia os dois Ctrl + Intervalo e Ctrl + < kbd> C :
#IfWinActive, Command Prompt ~^c::^CtrlBreak
O til (~) faz com que a chave retenha também sua função original. Para usar, basta instalar o programa, colocar o script que você deseja em um arquivo e executá-lo.