A compactação de arquivos e pastas do Windows lidaria com isso de maneira transparente. Não são necessários recursos especiais ou recursos de descompactação automatizados.
Sério, não acho que você precise ativar a compactação geral de arquivos / pastas na unidade.
Clique com o botão direito do mouse no arquivo ou pasta, selecione Propriedades, clique em Avançado e selecione "Compactar conteúdo para economizar espaço".